虎门港澳客运码头于1984年7月2日开港，是国内最早开放的国家一类口岸之一。
1984年9月-2007年11月中港城线：广深高速通车前，东莞至香港中港城航线是莞港两地出行最便捷的路径，为东莞改革开发、引进外资，奠定东莞“世界工厂”基础立下汗马功劳！ 1994年航线客量达峰值43.5万人次，中港城航线从1984至2007年期间共运送旅客38387万人次。
2003年9月开通香港机场线：虎门至香港机场航线，首创“海空联运”这一全球客运新模式，实现了船与飞机无缝链接。从开航至今，机场航线共运送旅客487万人次，旅客辐射至全球220个国家及地区。
2019年10月开通澳门航线：率先开通虎门港澳客运码头直达澳门氹仔客运码头的水上客运航线，将澳门纳入东莞“1小时交通圈”的范围，为莞澳两地搭起了一条便捷的水上高速通道。从开航至今，澳门航线共运送旅客11.9万人次。（数据截止至2021年6月7日）
目前，旅客可在码头享受76家航空公司上游接驳服务，15家航空公司直接办理登机，41家航空公司直接办理行李直挂，连续7年荣获香港国际机场管理局颁发的优质顾客服务奖个人卓越奖、优质顾客服务奖企业团队卓越奖，连续保持零事故、极高适航率及值机率，在业界及广大旅客中间树立了良好的口碑。
虎门港澳客运公司在船舶管理及科学更替方面做了大量工作。从2015年开始连续建造“狮子洋7”、“狮子洋8”、“狮子洋9”三艘新船，分别于2017年4月28日“狮子洋7”正式投入运营，2018年9月8日“狮子洋8”正式投入运营，2021年1月12日“狮子洋9”客轮顺利完工交付，并在同年5月获得航线营运资质。
